Cosa sapere
- Un file FNA è un file di allineamento di sequenze di DNA e proteine in formato FASTA.
- Aprine uno con Geneious.
- Converti in FASTA e formati simili con lo stesso programma.
Questo articolo spiega cos'è un file FNA, come aprirne uno e come salvarne uno in un formato diverso come FASTA, GB, VCF, immagini, ecc.
Che cos'è un file FNA?
Un file con estensione FNA è un file di allineamento della sequenza proteica e del DNA in formato FASTA che memorizza informazioni sul DNA che possono essere utilizzate dal software di biologia molecolare.
I file FNA, in particolare, possono essere utilizzati per contenere solo informazioni sull'acido nucleico mentre altri formati FASTA contengono altre informazioni relative al DNA, come quelli con FASTA, FAS, FA, FFN, FAA, FRN, MPFA, SEQ Estensioni di file, NET o AA.
Questi formati FASTA basati su testo sono nati originariamente da un pacchetto software con lo stesso nome, ma ora sono usati come standard nelle applicazioni di allineamento di sequenze di DNA e proteine.
FNA si riferisce anche ad alcuni termini tecnologici che non hanno nulla a che fare con questo formato di file, come l'accettazione finale della rete, la funzione di aumento del nome del file/attributo, l'architettura di rete Fujitsu e la pubblicità veloce.
Come aprire un file FNA
Aprine uno in Windows, macOS e Linux con Geneious (è gratuito per 14 giorni). Per fare ciò, vai al menu File > Import e scegli di importare il file tramite il From Filevoce di menu.
Potresti anche essere in grado di aprirne uno con BLAST Ring Image Generator (BRIG).
Prova Notepad++ o un altro editor di testo se queste idee non funzionano. Il file potrebbe infatti essere basato su testo e semplice da leggere, oppure potresti scoprire che non ha nulla a che fare con il formato FASTA, nel qual caso l'apertura del file come documento di testo potrebbe rivelare del testo che identifica ciò che è stato utilizzato per creare il file o in quale formato è il file.
Come convertire un file FNA
Non possiamo verificarlo poiché non l'abbiamo provato, ma dovresti essere in grado di utilizzare Geneious per convertire il file in molti altri formati, come FASTA, GB, GENEIOUS, MEG, ACE, CSV, NEX, PHY, SAM, TSV e VCF. Questo può essere fatto tramite il menu File > Export del programma.
Lo stesso programma dovrebbe anche essere in grado di salvare il file in PNG, JPG, EPS o PDF, tramite File > Salva come file immagine.
Anche se normalmente non puoi semplicemente rinominare l'estensione di un file in qualcos' altro e aspettarti che funzioni allo stesso modo, puoi rinominare un file. FNA in un file. FA se il tuo particolare software di sequenziamento del DNA lo riconoscerà solo il formato FA.
Invece di rinominare le estensioni di file, ti consigliamo di utilizzare un convertitore di file gratuito per convertire altri tipi di file. Nel caso di file FNA e FA, accade solo che alcuni programmi aprano solo file con estensione di file FA, nel qual caso rinominarlo dovrebbe funzionare correttamente.
Non riesci ancora ad aprirlo?
Se dopo aver utilizzato i programmi di cui sopra, non riesci ancora ad aprire il tuo file, potresti scoprire che l'estensione del file non legge effettivamente. FNA ma qualcosa che sembra semplicemente simile.
Ad esempio, i file FNG (Font Navigator Group) assomigliano moltissimo a ". FNA", ma se guardi da vicino, solo le prime due lettere sono uguali. Poiché le estensioni dei file sono diverse, è un'indicazione che sono di un formato di file diverso e molto probabilmente non funzioneranno con gli stessi programmi.
Lo stesso si potrebbe dire per molte altre estensioni di file come FAX, FAS (Compiled Fast-Load AutoLISP), FAT, FNTA (Aleph One Font), FNC (Vue Functions) e FND (Windows Saved Search).
L'idea qui è di assicurarsi che l'estensione del file sia. FNA. In tal caso, prova di nuovo a utilizzare i programmi dall' alto per aprirlo o convertirlo. Se hai un tipo di file diverso, cerca la sua estensione per scoprire quali applicazioni sono necessarie per aprirlo o convertirlo.
Domande frequenti
Come si apre un file FNA in Python?
In primo luogo, converti il file FNA in formato FASTA utilizzando un'applicazione di terze parti come Geneious. Quindi, puoi scaricare Biopython, un insieme di strumenti disponibili gratuitamente per il calcolo biologico per il lavoro in bioinformatica. Infine, fare riferimento al Tutorial e al ricettario di Biopython per istruzioni su come lavorare con i file FASTA.
Come faccio a trovare i miei numeri di produttore FNA su un file non elaborato di Ancestry?
Puoi scaricare la maggior parte dei dati del DNA da Ancestry.com in formato.txt. Tuttavia, solo i clienti il cui DNA è stato analizzato con il sequenziamento di nuova generazione (NGS) hanno la possibilità di scaricare un file VCF. Per scaricare un file VCF, devi essere il proprietario del DNA, fare il test del DNA utilizzando la tecnologia NGS e avere almeno 350 MB di spazio disponibile sul tuo dispositivo.
