Cosa sapere
- Alcuni file PDB sono file di database di programmi.
- Aprine uno con un editor di testo o un programma come Geneious.
- Converti in un altro formato con lo stesso programma che apre il tuo file di database specifico.
Questo articolo spiega cos'è un file PDB, come aprirne uno e come convertirne uno in un formato diverso.
Che cos'è un file PDB?
Un file con estensione PDB è molto probabilmente un file di database del programma utilizzato per contenere le informazioni di debug su un programma o un modulo, come un file DLL o EXE. A volte sono chiamati file di simboli.
Il file associa vari componenti e istruzioni nel codice sorgente al prodotto finale compilato, che il debugger può quindi utilizzare per trovare il file sorgente e la posizione nell'eseguibile in cui interrompere il processo di debug.
Alcuni file PDB potrebbero invece essere nel formato di file Protein Data Bank. Questi sono file di testo normale che memorizzano le coordinate relative alle strutture proteiche.
Altri file PDB potrebbero essere creati nel formato file Palm Database o PalmDOC e utilizzati con il sistema operativo mobile PalmOS; alcuni file in questo formato utilizzano invece l'estensione di file. PRC. Ancora un altro formato che utilizza questa stessa estensione è Tanida Demo Builder.
Come aprire un file PDB
Programmi diversi utilizzano il proprio file PDB per archiviare i dati in una sorta di formato di database strutturato, quindi ogni applicazione viene utilizzata per aprire il proprio tipo.
Geneious, Quicken, Visual Studio e Pegasus sono solo alcuni esempi di programmi che potrebbero utilizzare il file come file di database. Anche Radare e PDBparse potrebbero funzionare.
Alcuni file PDB sono archiviati come testo normale, come i file del database di debug del programma Geneious, e sono completamente leggibili dall'uomo se aperti in un editor di testo. Puoi aprire questo tipo di file PDB con qualsiasi programma in grado di leggere documenti di testo, come il programma Blocco note integrato in Windows. Alcuni altri visualizzatori ed editor compatibili includono Notepad++ e Brackets.
Altri file PDB non sono documenti di testo e sono utili solo se aperti con il programma a cui sono destinati. Ad esempio, se il tuo è in qualche modo correlato a Quicken, prova a utilizzare quel software per visualizzarlo o modificarlo. Visual Studio prevede di visualizzare un file PDB nella stessa cartella del file DLL o EXE.
Puoi visualizzare e modificare i file di Protein Data Bank in Windows, Linux e macOS con Avogadro. Anche questi programmi possono aprire il file: Jmol, RasMol, QuickPDB e USCF Chimera. Poiché si tratta di testo normale, puoi aprirne uno anche in un editor di testo.
Palm Desktop dovrebbe essere in grado di aprire questo file se è nel formato file di Palm Database, ma potresti dover prima rinominarlo per avere l'estensione del file PRC affinché quel programma lo riconosca. Il calibro è un' altra opzione.
Per aprire un file PDB PalmDOC, prova STDU Viewer.
Tanida Demo Builder apre i file in quel formato.
Come convertire un file PDB
È molto probabile che i file di database del programma non possano essere convertiti in un formato di file diverso, almeno non con un normale strumento di conversione file. Invece, se esiste un'applicazione in grado di convertire questo tipo di file, sarebbe lo stesso programma in grado di aprirlo.
Ad esempio, se hai bisogno di convertire il tuo file di database da Quicken, prova a usare quel programma per farlo. Questo tipo di conversione, tuttavia, probabilmente non è solo di scarsa utilità, ma non è nemmeno supportato in queste applicazioni di database (ovvero, probabilmente non è necessario convertire questo tipo di file PDB in nessun altro formato).
I file della banca dati delle proteine possono essere convertiti in altri formati con MeshLab. Per fare ciò, potresti dover prima convertirlo in WRL con PyMOL dal File > Salva immagine come > VRML menu, quindi importa il file WRL in MeshLab e usa il menu File > Export Mesh As per convertire il file PDB in STL o un altro formato di file.
Se non hai bisogno che il modello sia a colori, puoi esportare il file direttamente in STL con USCF Chimera (il link per il download è sopra). Altrimenti, puoi utilizzare lo stesso metodo di cui sopra (con MeshLab) per convertire PDB in WRL con USCF Chimera e quindi esportare WRL in STL con MeshLab.
Convertire PDB in PDF o EPUB, se hai un file PalmDOC, è possibile in diversi modi, ma il più semplice è probabilmente usare un convertitore online come Zamzar. Puoi caricare il tuo file su quel sito Web per avere la possibilità di convertirlo in quei formati, nonché in AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT e altri formati di file eBook.
Puoi convertirne uno nel formato FASTA con il convertitore online PDB in FASTA di Meiler Lab.
È anche possibile salvare questo file in CIF (Crystallographic Information format) online utilizzando PDBx/mmCIF.
Non riesci ancora ad aprirlo?
I file che non si aprono con nessuno degli strumenti di cui sopra, probabilmente non sono in re altà file PDB. Quello che potrebbe succedere è che stai leggendo male l'estensione del file; alcuni formati usano un suffisso che assomiglia molto a PDB, quando non sono realmente correlati e non funzionano allo stesso modo.
Ad esempio, un file PDF è un file di documento, ma la maggior parte dei programmi di cui sopra non eseguirà il rendering corretto del testo e/o delle immagini se si tenta di aprirne uno con questi programmi software. Lo stesso vale per altri file con estensioni di file con grafia simile, come file DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO e WPD.
PBD è un altro che appartiene al programma EaseUS Todo Backup ed è quindi utile solo se aperto con quel software.
Se non hai un file PDB, cerca l'estensione del file che ha il tuo file in modo da poter trovare il programma appropriato che lo apra o lo converta.
Lettura avanzata su file PDB
Puoi leggere molto di più sui file di database del programma da GitHub e Wintellect.
C'è anche altro da sapere sui file di Protein Data Bank; vedi Banca dati mondiale sulle proteine e PDB RCSB.
Domande frequenti
- Come posso risolverlo quando Visual Studio non riesce a trovare o aprire file PDB? Se vedi un messaggio che indica che Visual Studio non riesce a trovare o aprire il file PDB, prova utilizzando lo strumento di debug di Visual Studio. Vai a Strumenti > Opzioni > Debugging > Simboli e seleziona Server Microsoft Symbol
- Come si apre un file PDB su Android? Per aprire un file PDB su Android, utilizzare un lettore di file di terze parti. Scarica l'app Cool Reader o qualsiasi altro lettore supportato da file PDB su Google Play.
